Câu lạc bộ Midtjylland được thành lập bởi Johnny Rune, một thợ mộc và chủ sở hữu của doanh nghiệp cung cấp gỗ và Steen Hessel, một đạị lý của hãng Mercedes Benz.[trích dẫn cần]

Hai người đàn ông này muốn thống nhất lại hai câu lạc bộ bóng đá Ikast FS (thành lập năm 1935) và Herning Fremad (thành lập năm 1918)- Hai câu lạc bộ  mà trong nhiều thập kỷ qua là đối thủ lớn của nhau, nhưng chưa bao giờ có được thành công lớn trong làng bóng đá Đan Mạch. Ikast FS có một số thành công nhất định trong thập niên 70 và 80 nhưng đó là tất cả. Đã ít nhất 10 năm trôi qua nhưng hai câu lạc bộ vẫn không đồng ý về việc sáp nhập cho đến ngày 6 tháng 4 năm 1999, một thỏa thuận đã được đưa ra và đã được công bố vào buối họp báo hôm sau.[cần dẫn nguồn]

Năm 2000, Câu lạc bộ Midtjylland được lên giải Đan Mạch Superliga, sau một mùa giải mà đội bóng đã thu thập điểm nhiều hơn bất cứ đội nào khác trong lịch sử cua giải hạng nhất.

Vào tháng 7 năm 2014, Matthew Benham (chủ sở hữu của câu lạc bộ ở giải Championship của Anh là Brentford) đã đã trở thành cổ đông lớn của công ty mẹ FC Midtjylland là FCM Holding. Trong mùa giải 2014-15 họ giành chức vô địch ở Superliga Đan Mạch.